O Ministério do Mar, Águas Interiores e Pescas compreende a nível central a seguinte estrutura:

• • Inspecção do Mar, Águas Interiores e Pescas
  • Direcção Nacional de Políticas  e Cooperação
  • Direcção Nacional de Economia do Mar
  • Direcção de  Planificação e Estatísticas
  • Direcção de Administração e Recursos Humanos
  • Direccção de Comunicação e Informação
  • Gabinete Jurídico
  • Gabinete de Salvaguardas Sociais e Ambientais
  • Gabinete do Ministro
  • Departamento de Aquisições