São funções do Gabinete Jurídico:

1. Emitir pareceres e prestar demais assessoria jurídica;
2. Dar tratamento aos processos de contencioso administrativo e judicial referentes às atribuições do Ministério do Mar, Águas interiores e Pescas;
3. Zelar pelo cumprimento e observância da legislação aplicável ao sector;
4. Propor providências legislativas que julgue necessárias;
5. Pronunciar-se sobre o aspecto formal das providências legislativas das áreas do Ministério e colaborar no estudo e elaboração de projectos de diplomas legais;
6. Emitir parecer sobre processos de inquérito e sindicância e sobre adequação do relatório final à matéria investigada;
7. Emitir parecer sobre as petições e reportar para os órgãos competentes sobre os respectivos resultados;
8. Analisar e dar forma aos contratos, acordos, tratados, convenções e outros instrumentos de natureza legal e participar das respectivas negociações;
9. Investigar e proceder a estudos de direito comparado, tendo em vista a elaboração ou o aperfeiçoamento da legislação inerente ao ordenamento dos espaços marítimos, fluviais e lacustres, bem como para a gestão dos recursos pesqueiros e da aquacultura;
10. Pronunciar-se sobre propostas e ou recursos relativos às sanções e multas aplicadas sobre as infracções às leis e regulamentos do sector, que sejam submetidos à sua apreciação pelo Ministro;
11. Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos do presente Estatuto e demais legislação aplicável.

O Gabinete Jurídico é dirigido por um Director Nacional.