São funções da Inspecção do Mar, Águas Interiores e Pescas:

1. Realizar de forma periódica e planificada ou por determinação superior, inspecções aos órgãos do Ministério e às instituições tuteladas;
2. Fiscalizar a correcta administração de meios humanos, materiais e financeiros postos à disposição das Instituições tuteladas;
3. Prestar informações sobre as condições de funcionamento, de organização e de eficiência das áreas inspeccionadas e propor as devidas correções;
4. Realizar inquéritos e sindicâncias por determinação superior;
5. Efectuar estudos e exames periciais;
6. Elaborar pareceres ou relatórios informativos no âmbito das suas atribuições;
7. Comunicar o resultado das inspecções as entidades inspeccionadas em conformidade com o princípio do contraditório;
8. Garantir o cumprimento das normas de segredo do Estado;
9. Verificar o relacionamento entre os órgãos e instituições tuteladas do Ministério do Mar,  Águas Interiores e Pescas;
10. Verificar o tratamento das petições, reclamações e sugestões, emitindo recomendações e propondo as necessárias acções correctivas;
11. Participar no processo de implementação do subsistema do controlo interno no âmbito do Sistema de Administração Financeira do Estado;
12. Colaborar na instrução de processos disciplinares ou em outras acções do âmbito disciplinar, sempre que superiormente determinado;
13. Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos do presente  Estatuto e demais legislação aplicável.

A Inspecção do Mar, Águas Interiores e Pescas é dirigida por um Inspector-Geral Sectorial, coadjuvado por um Inspector-Geral Sectorial Adjunto.