São funções da Direcção Nacional de Operações:

1. Fiscalizar as actividades de exploração económica e da  utilização dos  espaços marítimos, fluviais e lacustres, e do domínio público da zona costeira em coordenação com outros órgãos ou entidades relevantes;
2. Efectuar a fiscalização das actividades de pesca, incluindo a pesca recreativa e desportiva;
3. Efectuar a fiscalização das actividades de exploração de recursos hídricos;
4. Autuar e penalizar os infractores da legislação atinente à segurança marítima, poluição marinha, indústria marítima, exploração económica dos recursos vivos e não vivos, ocupação dos espaços marítimos, fluviais e lacustres, do domínio público da zona costeira;
5. Assegurar o funcionamento da unidade de inteligência e a pertinente colaboração com as entidades nacionais e internacionais;
6. Assegurar a inspecção das embarcações que demandem os portos nacionais de acordo com a legislação aplicável;
7. Assegurar que as embarcações de pesca moçambicanas licenciadas para o alto mar e em águas de países terceiros realizem as suas actividades de acordo com a legislação aplicável;
8. Propor a definição de políticas e estratégias para uma eficaz fiscalização e controlo da exploração dos recursos naturais vivos e não vivos, dos espaços marítimos, fluviais e lacustres, do domínio público da zona costeira;
9. Propor o estabelecimento de normas que assegurem o envolvimento de outras entidades com interesses na fiscalização da pesca, incluindo os Conselhos Comunitários de Pesca;
10. Coordenar as unidades descentralizadas de operações de fiscalização;
11. Implementar os diversos instrumentos internacionais de que Moçambique é Parte bem como participar nos programas regionais de observação abordo no âmbito da fiscalização da pesca e segurança;
12. Participar nos programas conjuntos de fiscalização pesqueira;
13. Garantir o fluxo de informação que permita a emissão do certificado de legalidade de captura para a exportação de produtos da pesca;
14. Colaborar, com outras entidades competentes, nas acções de vigilância e fiscalização sobre actividades ilícitas no mar e através do mar;
15. Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos do presente Estatuto e demais legislação aplicável.

A Direcção Nacional de Operações é dirigida por um Director Nacional, coadjuvado por um Director Nacional Adjunto.