São funções do Departamento de Administração e Finanças:

1. Elaborar a proposta do orçamento do Ministério de acordo com as metodologias e normas estabelecidas;
2. Executar o orçamento de acordo com as normas de despesa internamente estabelecidas e com as disposições legais aplicáveis;
3. Controlar a execução dos fundos alocados aos projectos ao nível do Ministério e prestar contas às entidades interessadas;
4. Administrar os bens patrimoniais do Ministério de acordo com as normas e regulamentos estabelecidos pelo Estado e garantir a sua correcta utilização, manutenção, protecção, segurança e higiene;
5. Determinar as necessidades de material de consumo corrente e outro, e proceder à sua aquisição, armazenamento, distribuição e ao controlo da sua utilização;
6. Elaborar a conta de gerência do Ministério e submeter ao Ministério da Economia e Finanças e ao Tribunal Administrativo;
7. Assegurar a liquidação e pagamento das remunerações e abonos do pessoal;
8. Zelar pelo cumprimento das leis, regulamentos e outras disposições legais de carácter administrativo e financeiro;
9. Proceder à tramitação do expediente relativo a viagens internas e internacionais;
10. Realizar tarefas de apoio logístico de carácter geral;
11. Zelar pela manutenção da ordem no recinto do Ministério, controlando a circulação dos utentes e outras pessoas estranhas;
12. Implementar o Sistema Nacional de Arquivos do Estado;
13. Realizar outras actividades que lhe sejam superiormente determinadas nos termos do presente Estatuto e demais legislação aplicável.

O Departamento de Administração e Finanças é dirigido por um Chefe de Departamento Central Autónomo.