O Ministério do Mar, Águas Interiores e Pescas compreende a nível central a seguinte estrutura:

• • Inspecção do Mar, Águas Interiores e Pescas
  • Direcção Nacional de Políticas Marítima e Pesqueira
  • Direcção Nacional de Operações
  • Direcção de Estudos, Planificação e Infra-estruturas
  • Gabinete Jurídico
  • Gabinete do Ministro
  • Departamento de Recursos Humanos
  • Departamento de Administração e Finanças
  • Departamento de Tecnologias de Informação e Comunicação
  • Departamento de Comunicação e Imagem
  • Departamento de Aquisições